Museets bestyrelse består af syv medlemmer. Middelfart Museumsforening har fem bestyrelsesmedlemmer, valgt på foreningens generalforsamling, samt to repræsentanter for Middelfart Kommune, udpeget for en kommunal periode. Derudover kan bestyrelsen udpege en til to medlemmer med en særlig faglig baggrund inden for områder, som museet arbejder på at udvikle. Disse medlemmer har stemmeret og vælges for et år ad gangen med mulighed for forlængelse.

Bestyrelsen består af:

Hans Erik Brønserud, Formand 
Kristian Gren, Næstformand 
Ib Gorm Petersen
Jens Backer Mogensen
Karin Riishede
Ulla Lindgren