Museets bestyrelse består af syv medlemmer. Middelfart Museumsforening har fem bestyrelsesmedlemmer, valgt på foreningens generalforsamling, samt to repræsentanter for Middelfart Kommune, udpeget for en kommunal periode. Derudover kan bestyrelsen udpege en til to medlemmer med en særlig faglig baggrund inden for områder, som museet arbejder på at udvikle. Disse medlemmer har stemmeret og vælges for et år ad gangen med mulighed for forlængelse.

På billedet ses den forhenværende bestyrelse - Der er et nyt billede på vej af den nuværende bestyrelse.