Museets bestyrelse består af syv medlemmer. Middelfart Museumsforening har fem bestyrelsesmedlemmer, valgt på foreningens generalforsamling, samt to repræsentanter for Middelfart Kommune, udpeget for en kommunal periode. Derudover kan bestyrelsen udpege en til to medlemmer med en særlig faglig baggrund inden for områder, som museet arbejder på at udvikle. Disse medlemmer har stemmeret og vælges for et år ad gangen med mulighed for forlængelse.

Ny bestyrelse og kompetencer 2022

Hans Erik Brønserud (bestyrelsesformand), tidl. direktør i Middelfart Sparekasse. Udpeget af museumsforeningen. Kompetencer indenfor økonomi og ledelse. 

Kristian Gren (næstformand), chef for marketing og forretningsudvikling i Middelfart Sparekasse. Udpeget af museumsforeningen.  Kompetencer indenfor markedsføring og sociale medier.

Ib Gorm Pedersen, advokat. Udpeget af museumsforeningen.  Kompetencer indenfor jura og bestyrelsesarbejde.

Jes Røn Hansen, sognepræst og medlem af Middelfart Byråd. Udpeget af Middelfart Kommune. Kompetencer indenfor kommunalpolitik og etik.

Karin Riishede, revisor og medlem af Middelfart Byråd. Udpeget af Middelfart Kommune. Kompetencer indenfor kommunalpolitik og regnskab.

Ulla Lindgren, socionom og centerleder i Psykiatrien i Region Syddanmark. Udpeget af museets bestyrelse. Kompetencer indenfor regional psykiatri og formidling.