I Middelfart Museums vedtægter beskriver dets formål således:
“Museets opgave er gennem indsamling, registrering, bevaring, forskning og formidling inden for sit ansvarsområde at virke for sikringen af Danmarks kulturarv og belyse tilstande og forandringer inden for kulturhistorien. Indsamling, registrering, forskning og formidling skal finde sted inden for den geografiske, tids- og emnemæssige afgræsning af museets godkendte ansvarsområde.
Museet foranlediger samlingerne gjort tilgængelige for offentligheden og stiller dem til rådighed for forskningen samt udbreder kendskabet til resultater af såvel museets egen forskning som anden forskning baseret på museets samlinger.
Museets ansvarsområde er Middelfart kommune, inden for hvilken Museet varetager kulturhistorien inden for nyere tid.
Den arkæologiske virksomhed inden for området varetages af Odense Bys Museer.
Museet kan i øvrigt bistå centrale, regionale og lokale myndigheder med undersøgelser inden for museets emnemæssige og geografiske virkeområde.”

Middelfart Museum har i det regionale museumsarbejde, Museum Fyn, følgende virkeområder: Ankermuseum (museum med særlig stor eller generel viden om et emne): Bierhverv, trafik, byhistorie.
Delemner: Stationsbyer, hovedgårde på Nordvestfyn, byggeskik efter 1850, trådindustri, jernstøberi, færger, værft, smakkejoller, marsvinsfangst, sindssygeforsorg, kvindehistorie, dragt i almindelighed, hatte.